Bomberna exploderade strax efter fredags-bönen, en speciell dag då muslimer tänker på de döda. Det verkar som om det var meningen att bara muslimer skulle dö. K S Subramanian är pensionerad polis. Han har skrivit flera böcker om polis-arbete. Han säger:
- Det verkar som om antimuslimska grupper har gjort det. Troligen är det fanatiska hinduer. Regeringen skyller på militanta islamister, men de borde istället se till att landets muslimer inte behöver vara hotade.

Precis efter bombdådet började polisen undersöka en militant hinduisk grupp som har sprängt moskéer i delstaten Maharashtra tidigare. Sedan började de skylla på muslimska fundamentalister. Men de har inte hittat någon av de skyldiga.
Varför började de leta efter muslimska fundamentalister? Sprängämnena som användes liknar sprängämnen som muslimer har använt vid tidigare terrordåd.
En anonym expert på sprängämnen säger:
- Alla grupper som har tillräckligt mycket pengar kan köpa sådana sprängämnen. Den hinduiska gruppen Bajrang Dal har ofta varit våldsam mot muslimer. Gruppen vill ha ett hinduiskt kungadöme i Indien. De har varit inblandade i mycket våld de senaste månaderna. Många muslimer i Maharashtra är rädda för dem.
Muslimer blir diskriminerade i Indien. De är fattigare än andra minoriteter, de har mindre utbildning och färre har jobb. 13,4 procent av alla indier är muslimer, men de har bara 2-4 procent av de statliga jobben. Det finns särskilt få muslimska poliser. I byar och städer där de flesta är muslimer finns färre vägar och skolor än i andra byar och städer.
Regeringen håller på att undersöka problemet med diskriminering av muslimer. En rapport ska vara färdig i slutet av oktober. Men man måste också göra så att muslimerna slipper känna sig otrygga, säger experter.

Ett exempel på diskriminering är skadestånden till de dödade människornas familjer. Regeringen har sagt att släktingarna till de dödade personerna vid moskén ska få 100 000 rupier i skadestånd. Det är cirka 15 000 kronor. Släktingarna till dem som dödades i Mumbai fick 1,15 miljoner rupier, cirka 180 000 kronor, i skadestånd.
Premiärminister Manmohan Singh har skrivit ett program med 15 punkter, som ska göra att de religiösa minoriteterna får det bättre. Bombdådet i Malegaon kommer att visa om regeringen är så sekulär och pluralistisk som den säger.