De nepalesiska testerna av vaccinet organiserades av USA:s militära forskningsinstituts thailändska avdelning. Denna startade 1995 forskningsenheten WARUN, i Katmandu.
Hepatit E orsakas av ett virus som sprids främst via vatten. Sjukdomen förekommer bara i fattiga länder, exempelvis Afghanistan. Flera länder där USA har många soldater utposterade är drabbade, och människor i åldersgruppen
16-40 är särskilt känsliga för viruset, vilket innebär att soldaterna ingår i riskgruppen.
De som drabbas blir ofta sjuka i två till sex veckor. De blir yra och trötta och drabbas av kräkningar och diarréer.

Det amerikanska vaccinet testades 1998 på 88 amerikanska medborgare och 44 nepaleser. De nepalesiska testpersonerna bodde i Lalitpur, som ligger i närheten av Katmandu. Nepal valdes ut som testland eftersom hepatit E är mycket vanligt här.
Efter den första testomgången ville WARUN genomföra en andra, mer omfattande studie, på 2000- 3000 Lalitpur-invånare. Men då hade Sharad Onta, som arbetar på Tribhuvan- universitetets medicinska fakultet, och andra betraktare börjat ifrågasätta behovet av en sådan studie och etiken i genomförandet.
Medier och ickestatliga organisationer började debattera frågan och för att undvika problem flyttades fältunderökningen till Katmandu där WARUN började samarbeta med den nepalesiska armén.
- Vi är inte motståndare till att delta i forskning. Vi nepaleser använder vaccin som utprovats i andra länder. Men vissa minimikrav måste uppfyllas vid testerna, säger Onta.
- Många av invånarna i Lalitpur visste ingenting om vaccinet, de visste inte ens varför deras blod samlades in, säger han.
De amerikanska forskarna flyttade efter kritiken sin forskning till Katmandus militärsjukhus. Mellan 2001 och 2003 deltog 2000 nepalesiska soldater i försöket. 1 000 injicerades med vaccinet och resten fick placebosprutor. Kostnaden för forskningen var en miljon dollar per år.
- Man måste fråga sig hur mycket soldaterna förstod av testerna, säger Lajana Manandhar, chef för
organisationen Lumanti som var en av de som protesterade mot testerna.
- Det som bekymrade oss i Lalitpur var att försöket inte var etiskt. Volontärerna hade skrivit på avtal utan att veta vad de gått med på eftersom de var illitterata eller dåliga på att läsa och skriva, säger hon.

Ramesh Kant Adhikary, chef för Nepals nationella forskningsråd, NHCR, medger att det fanns vissa frågetecken kring om soldaterna verkligen kunde anses vara frivilliga.
- Teoretiskt ska studier inte utföras på fångar, soldater och andra som kan man kan befara saknar möjlighet att säga nej, säger han. Men han tillägger att NHCR talade med armén och med medverkande soldater som alla sa att de frivilligt erbjudit sig att vara med.
I december 2005 tillkännagav läkemedlersföretaget GlaxoSmithKline som tillverkar vaccinet att det visat sig vara effektivt i 96 procent av försöken och att nästa steg är att börja marknadsföra vaccinet.
Nepal antog 2001 etniska riktlinjer för hälsoforskning i landet. Därför säger Adhikary att om Nepals nationella forskningsråd skulle få en förfrågan om ett liknande test i dag så skulle man bland annat ställa frågan hur försöket kommer att gagna nepaleserna. Men han säger att det är viktigt att inte skrämma bort viktig forskning från landet.
- Vi behöver en balans mellan etiska principer, behovet av att bygga upp kapacitet bland våra egna forskare och behovet av forskning, säger han.
Frågar man Lajana Manandhar på Lumanti, som arbetar direkt med sluminvånarna, kommer en motfråga:
- Vi vände oss till forskarna och frågade varför de alltid vänder sig till de fattiga - varför de inte vänder sig till människor som du och jag och försöker övertyga oss. Det verkade de inte ha något svar på.
Läkaren Sharad Onta menar att hepatit E främst måste bekämpas och utrotas genom att fokusera på tillgång till rent vatten.
- Vi kan inte alltid vara beroende av ett vaccin, men vi kan skyddas av säkert dricksvatten, som skulle utrota många andra hälsorisker tillsammans med hepatit E, säger han.
Onta säger att Nepals regering trots bidrag och lån från Världsbanken inte har lyckats ge medborgarna tillgång till rent vatten. Han jämför med regeringen i Thailand som genom utbyggnad av sitt vattensystem har lyckats utrota hepatit E.
På den nepalesiska landsbygden, där över 80 procent av befolkningen bor, orsakas omkring en tredjedel av alla dödsfall bland barn under fem av vattenburna sjukdomar. Över 20 000 nepalesiska barn dör varje år av diarré.