Beslutet att häva förbudet mot samarbete med specialstyrkan Kopassus, som utfärdades 1999, tillkännagavs av försvarsminister Robert Gates under ett besök i Indonesien förra veckan.

Åtgärden beskrivs som ett steg mot att återställa de militära banden mellan de båda länderna, men oroar människorättsgrupper. De har länge sett Kopassus, inklusive några av dess högsta befälhavare, som ansvariga för massmord, avrättningar, och försvinnanden i Sydostasiens folkrikaste nation – inte minst i före detta Östtimor, Papua och Aceh-provinsen.

– Det här är inte rätt sätt att uppmuntra reform inom en armé som fortfarande inte visat ett genuint engagemang i frågan om ansvar för allvarliga människorättsförbrytelser, säger Sophie Richardson, Asiendirektör för Human Rights Watch.

– Beslutet belönar Kopassus för dess omedgörlighet och förråder dem i Indonesien som i årtionden kämpat för rättvisa, säger hon.

Enligt Richardsson har regeringen i Jakarta inte bara underlåtit att avskeda det fåtal soldater som dömts för människorättskränkningar, utan också befodrat officerare som kopplats till tidigare förbrytelser.

Så sent som i april detta år utsågs överste Nugroho Widyo Utoma, som anklagats för att ha skapat och beväpnat miliser som 1999 begick omfattande förbrytelser i Östtimor, till Kopassus näst högste befälhavare.

Minst 1400 människor i Östtimor dödades i samband med en folkomröstning om självständighet 1999. Efter det stoppades samarbetet med Kopassus av den amerikanska kongressen, men banden återställdes delvis redan året därpå av dåvarande presidenten Bill Clinton.

Efter terrordåden i New York den 11 september 2001 försökte Bush-administrationen kringå kongressens restriktioner genom att ge stöd till Indonesiens militär inom ramen för ett program för kontraterrorism. Genom att peka på bombdåden i Bali 2002 lyckades regeringen långsamt stärka relationerna till den indonesiska militären och lätta på vapenembargot.

På grund av växande oro över Kinas inflytande i regionen har Pentagon tryckt på för att helt återställa banden med landets militär, inklusive elitstyrkan Kopassus. Men försäkringarna att detta inte ska ske på bekostnad av reformer övertygar inte människorättsaktivister.

– I åratal gav USA militär träning och annat stöd till Kopassus, och när USA var mest inblandat begicks de värsta brotten, säger John Miller från East Timor Action Network.

– Stödet gav den indonesiska militären dödliga färdigheter, men gjorde inget för att förbättra dess beteende, säger han.